菌種安全
施用菌種存在一定安全隱患。目前，據(jù)農(nóng)業(yè)部微生物肥料質(zhì)量監(jiān)督檢驗(yàn)測(cè)試中心反映，隨著我國(guó)微生物肥料產(chǎn)品種類和劑型的不斷增加，微生物肥料生產(chǎn)中所施用微生物的種類也增加很快，已經(jīng)遠(yuǎn)遠(yuǎn)超出過去常用的一些種、屬。因此，微生物肥料施用的菌種潛在一定安全隱患。我國(guó)微生物肥料管理采用登記證制度（市場(chǎng)準(zhǔn)入）和年度跟蹤抽查制度，并且正向產(chǎn)品進(jìn)入市場(chǎng)合法、質(zhì)量監(jiān)管有力邁進(jìn)。
加強(qiáng)菌肥生產(chǎn)的安全監(jiān)督。近年來，微生物肥料所用菌種中條件病原微生物或機(jī)會(huì)性病原出現(xiàn)的頻率加大。針對(duì)微生物肥料的生產(chǎn)，必須加強(qiáng)對(duì)肥料菌種的安全監(jiān)督，嚴(yán)防有毒力的毒株應(yīng)用于肥料生產(chǎn)。微生物肥料的核心是制品中特定的有效的微生物活體，一些微生物雖有特定的肥料效應(yīng)，但由于是條件病原微生物或機(jī)會(huì)性病原，不能用作微生物肥料的菌種。
我國(guó)對(duì)產(chǎn)品質(zhì)量的監(jiān)管，采用跟蹤抽査制度，一般一年進(jìn)行一次，防止危害人民群眾安全、危及農(nóng)牧業(yè)生產(chǎn)安全的事故發(fā)生。檢查的安全性指標(biāo)包括菌種安全監(jiān)督和產(chǎn)品的無害化指標(biāo)，具體菌種安全監(jiān)督按照農(nóng)業(yè)部頒布的菌種3級(jí)管理目錄進(jìn)行。產(chǎn)品的有效性表現(xiàn)在提供、保持或改善植物營(yíng)養(yǎng)和土壤物理、化學(xué)性能以及生物活性，提高農(nóng)產(chǎn)品產(chǎn)量，或改善農(nóng)產(chǎn)品品質(zhì)，或增強(qiáng)植物抗逆性。
加強(qiáng)施用菌肥的監(jiān)督管理
在肥料銷售和生產(chǎn)應(yīng)用過程中，必須加強(qiáng)微生物肥料的質(zhì)量檢驗(yàn)與菌種安全檢查的監(jiān)督管理；購買微生物肥料的用戶，要加強(qiáng)對(duì)產(chǎn)品登記制度的了解，逐一核查產(chǎn)品是否登記，嚴(yán)格核實(shí)欲購肥料與辦理登記的手續(xù)是否一致，是否存在安全問題，以確保微生物肥料的施用安全。
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